在兩岸關係冰封之際，台灣負責兩岸交流的半官方機構海基會董事長鄭文燦，突然因貪污罪被收押。鄭文燦是綠營的政治明星，竟然會中箭下馬，出乎意料。而這究竟是因為他太積極推動交流，協助改善兩岸關係，違背了賴清德搞「台獨」的方向，抑或剛上台的賴清德藉此打壓黨內同志，肅清對他領導地位有威脅的中生代，似乎都是可能的因素。

　　以「台獨工作者」自居的賴清德，就職演說提出「新兩國論」，之後亦不斷放出「台獨」言論和主張，但鄭文燦擔任海基會董事長後，做法卻和民進黨當局背道而馳。他不但向國民黨籍前立法院長王金平請益兩岸事務，還拜會朝野立委溝通兩岸民間交流。甚至陸委會在高層授意下，宣布將大陸和港澳旅遊警戒升級、呼籲民眾非必要切勿前往後，鄭文燦竟然依舊要求海基會工作人員，以「混團」方式繼續到對岸交流。種種做法都犯了今上大忌，也有輿論以此認為是被整肅原因之一。

負責推動兩岸交流的海基會董事長鄭文燦，涉嫌貪污被收押。

　　鄭文燦是野百合學運決策小組召集人，後來成為蔡英文愛將，並以足智多謀、文勇雙全形容他，因他體重達82公斤，在黨內被封為「胖周瑜」。2022年底民進黨「九合一選舉」大敗，時任行政院長蘇貞昌辭職負責，由前「副總統」陳建仁回鍋擔任院長，鄭文燦出任副院長。眾所周知，陳建仁並沒有黨政資源，只不過是掛名院長，真正負責的是鄭文燦，因此輿論當時猜測他很可能代表民進黨出馬競選2024年「總統」。

　　可惜他先後陷入多宗爭議事件和傳聞，導致失去出線機會，包括桃園市長任內和黑社會分子關係密切、傳聞他在澳門接受性招待等等，最後更因就讀台灣大學國家發展研究所的碩士論文涉嫌抄襲，2022年被台大撤銷學位，聲望一落千丈，因此失去爭取代表民進黨角逐大位的資格，讓賴清德以沒有對手的姿態順利出線接班。

　　不過，賴清德贏得並不漂亮，得票率僅40.05%，比蔡英文少了17%，淪為少數「總統」，同時民進黨立委選舉失利，丟掉國會多數優勢。他因此擺出強硬姿態四面出擊，企圖證明自己擁有獨攬大權的能力。除了向對岸拋出「台獨」主張，在島內也不斷挑戰在野黨立委推動的國會監督法案，對民進黨內則逐步鏟除異己。

有輿論認為鄭文燦因貪污罪被收押，是賴清德整肅異己的開始。

　　傳媒之所以認為賴清德趁機借故鏟除未來對他地位有威脅的鄭文燦，在於他涉及的案件早在7年前發生，涉嫌收受500萬新台幣，替行賄者將華亞科技園區周邊不符合規定的土地，劃入科技園區，如果成功，行賄者將獲得超過50億新台幣獲利。可惜鄭文燦「辦事不力」，最後無法變更土地使用項目，只好在11個月後退回賄款。這7年間，地檢署曾四度要求搜索遭法院拒絕，顯見檢方早已掌握相當證據，才敢出手動這麼有地位的政治人物。至於為甚麼案件7年來都辦不下去，這次突然大舉突破獲准行動，顯見就算不是層峰授意，亦有默許之嫌。而且檢方選擇他從日本返台，飛機落地時拘捕，還選在鄭文燦57歲生日當天收押，種種細節，都被傳媒以「殺人誅心」形容賴清德出手，一招就把鄭文燦弄得身敗名裂，話題十足，就此踢出政壇永不翻身。曾擔任行政院副院長的鄭文燦更是除陳水扁之外，台灣被收押的最高級官員。

　　賴清德作風狠辣，對付綠營黨內同志毫不手軟。在鄭文燦遭到收押後，賴清德透過一間綠營電視台放話表示：「不分黨派，不問何人，只要涉及非法，檢調都應該查辦。」這番強硬談話，讓外界認為他手上似乎握有「死亡筆記」，打算再接再厲，以反貪之名鏟除政壇異己。綠營眼中釘民眾黨主席柯文哲，很可能是下一個目標。